El Dépor FC fue fundado en el año 2006, en la ciudad de Cali por el empresario vallecaucano Gustavo Moreno Arango. El equipo se trasladó al municipio de Jamundí, durante las temporadas 2006, 2007 y 2008 para participar en representación del municipio y de la zona metropolitana de la ciudad de Cali.
En el 2009, el equipo se radica definitivamente en la ciudad de Santiago de Cali (Valle del Cauca), teniendo como sede el estadio Olímpico Pascual Guerrero bajo el nombre de Dépor Aguablanca, el cual le fue adjudicado gracias a su trabajo social en las zonas vulnerables de la ciudad.
En el año 2012 el equipo retoma su nombre original Dépor FC, puesto que la cobertura de su trabajo con la sociedad abarca la totalidad de la ciudad de Cali y marca el crecimiento de la institución a nivel local y nacional.
El Dépor FC, desde su creación y a través de la práctica del fútbol, trata de incentivar a los jóvenes de sectores vulnerables de la ciudad de Cali y de las escuelas de formación deportiva de la institución, inculcando los valores fundamentales del Depor FC: trabajo en equipo, compromiso, esfuerzo, solidaridad, respeto y juego limpio.